聖光学院では理科の学力として「自分で考え，表現する力」を重視しています。そのため，低学年の間（特に本校では前期に相当する中学１・２年の間）は，演示実験・生徒実験をもとに，しっかり理解してノートにまとめてゆく勉強の仕方を身につけることに集中します。その中で目に見えるさまざまな自然現象の背後に調和のとれた基本原理があることを少しずつ学んでゆきます。中学受験のときに結果だけ覚えて使っていたような事実を，もう一度じっくり考え直すことができるのもこの時期です。次に中学理科の内容を発展させながら，中期（中学３・高校１年）には，中３では理科Ⅰ（物理分野）と理科Ⅱ（地学分野）を学び，高１で生物基礎，物理基礎，化学基礎を学びます。本校では高校２年生から文科系と理科系の２コースに分かれたクラス編成になりますが，文科系の生徒でも基本的に物理・化学・生物の３科目の基礎を学習することになります。それは，大学の研究者や，企業の第一線で活躍している方々も強調しているように，科学的な考え方や論理的思考能力を養うためには，どうしても理科全般にわたる学習が必要だからです。後期（高校２・３年）には文科系と理科系の２コースに分かれ，文科系は各基礎科目から２科目を選択します。理科系は化学と生物，または化学と物理の組み合わせのどちらかを選択して履修しますが，高３ではその他に理科３科目を必要とする国立大学医学部受験のために週に１回生物または物理を３科目目として選択することができます。高１の時に比べて科目数は減りますが，その分，科目ごとの時間数は増えるため，より広く知識を学び，深く考察できるような授業を進めます。

授業にあたっては，各担当者が副教材や手作りのプリントを用いて高いレベルの授業を目指しています。

なお，中学１～高校１年生は聖光塾という希望選択の体験学習コースの中で行われる，外部講師による実験教室に参加することができます。校外で直接自然にふれながら観察したり，ふだんの授業では扱わない専門的な実験もできるため，とても好評で，開講数も年を追って増えています。